از زمان روی کار آمدن حکومت سرپرست، برخی از کشورهای منطقه در کنار مسائل سیاسی، اتهام می بندند که امارت اسلامی مساوات را در میان اقوام افغانستان نقض می‌کند و رفتار دوگانه دارد.
در پی این اتهامات، حسن کاظمی قمی، شارژدافیر ایران در کابل طی مصاحبه ای گفته است، حکومت سرپرست با مردم افغانستان رفتار دوگانه دارد.
وی درخواست کرد که امارت اسلامی باید به تبعیض زبانی و مذهبی با قبایل پایان دهد و مساوات را در نظر بگیرد.
وی در این مورد می‌گوید:« نظام قومی، زبانی، مذهبی و جنسیتی نمی تواند پاسخگوی خواسته های مردم یک کشور باشد. باید به تبعیض قومی، زبانی و مذهبی علیه اقلیت ها در افغانستان پایان داده شود.»
حکمت سرپرست اظهارات این مقامات ایرانی را بی اساس خوانده و می‌افزاید، حقوق اقوام در افغانستان محفوظ است.
مسوولین وزارت امور خارجه می‌گویند، حکومت سرپرست به حاکمیت وحدت ملی در افغانستان متعهد است و اجازه نمی دهد در این سرزمین نسبت به هیچکس تبعیض قومی و زبانی صورت گیرد.
ضیاء احمد تکل، معاون سخنگوی وزارت امور خارجه می‌گوید:« امارت اسلامی همه افغان ها را به حیثت رعیت خود می‌بیند و هیچ کس حق ندارد علیه هیچ افغانی تبعیض قائل شود. حقوق تک تک شهروندان کشورمان محفوظ است.»
در عین حال، شماری از تحلیلگران سیاسی ایران را متهم می‌کنند که همواره برای رسیدن به اهداف خود به تفرقه قومی در افغانستان دامن می‌زند و منافع خود را در آن جستجو می‌کند.
عزیز معارج، تحلیلگر سیاسی می‌گوید:« جالب است که برخی از کشورها مانند ایران به برخی اقوام مانند کرد ها، آذری ها، بلوچ ها و ترکا ها در امور و نظام حکومتی اجازه نمی‌دهند. از ۵۳ قوم ایران، تنها یک قوم حکومت می‌کند و از نظر مذهب، مذهب اهل سنت هیچ قدرت و صلاحیتی ندارند؛ اما آنها برای اهداف خود به افغانستان می آیند و پیشنهاد می دهند که به سایر اقوام نیز سهم داده شود یا متهم به تبعیض می کنند. ایران در ۵۰ سال گذشته بین افغان‌ها تفرقه انداخته است.»
این اولین بار نیست که کشورهای منطقه در کنار رفتار دوگانه با قبایل در افغانستان ادعای وجود گروه های مسلح را نیز می کنند.
پیش از این نخست وزیر پاکستان نیز در مجمع عمومی سازمان ملل متحد اتهام بست که گروه های مسلح در افغانستان حضور دارند و از آنجا امنیت منطقه را تهدید می‌کنند؛ اما مقامات حکومت سرپرست بارها این اتهامات را رد کرده اند.
