پس از روی کار آمدن امارت اسلامی، پاکستان اتهامات بی اساس و بی دلیل از داخل تا سطح بین المللی را علیه حکومت سرپرست افغانستان مطرح می‌کند و این روند همچنان ادامه دارد.
موجودیت تی.تی.پی در افغانستان، دست داشتن افغان ها در ناامنی های آنجا، استفاده از خاک افغانستان علیه آنها و موارد دیگر اتهامات و اظهارات است که پاکستان هیچ مدرکی برای آن ندارد.
تحلیلگران سیاسی می‌گویند، افغانستان که اکنون برای جهان اهمیت دارد و در راس اجندا بحث قرار گرفته است، پاکستان راه را گم کرده و می‌خواهد توجه بین المللی را از این کشور به مسائل دیگر منحرف کند.
عزیز معارج دیپلومات پیشین می‌گوید:« تمام دنیا می بینند که پاکستان در مورد مسائل بی اساس صحبت می‌کند. آنها می خواهند افغانستان را مقصر نشان دهند. تی.تی.پی و گروه های دیگر را که نمی‌توانند کنترول کنند، با وجود ادعای اردو بزرگ، آنرا نیز می‌خواهند بالای افغانستان تاوان کنند. در در این وقت ها می‌دانند که توجه سازمان ملل و جامعه جهانی به افغانستان معطوف شده است.»
برخی دیگر خواهان افغانستان قدرتمند در برابر پاکستان، وجود نظام مرکزی و سیاست عاقلانه با آن کشور هستند.
نجیب الله جامع، تحلیلگر سیاسی می‌گوید:« اردو، استخبارات، سیاستمداران و حتی ملا های پاکستان همواره در برابر حاکمیت افغانستان و منافع ملی ما دو رو بوده و بر اساس اهداف سیاسی، تصمیم گیری ها و بازی های استخباراتی ایستاد بوده است. بر این اساس، لازم است افغان ها نسبت به پاکستان آگاه شوند و از منافع خود محافظت کنند.»
شهسوار سنگروال، تحلیلگر سیاسی می‌گوید:« اگر پاکستان در روابط دیپلوماتیک با افغانستان رفتار خوبی را در پیش گیرد، ما نیز باید به همان شکل رفتار کنیم. همانطور که آنها (پاکستان) در چهار دهه گذشته رفتار پر از خشم با ما داشته اند و اگر این پالیسی را تغییر ندهند و به همین شکل ادامه یابد، پس ما نیز باید در فکر سیاست بالمثل باشیم.»
امارت اسلامی در پاسخ به این نگرانی ها می‌گوید که خواهان روابط خوب با پاکستان به عنوان یک کشور همسایه است، اما اظهارات نابجا و بی اساس پاکستان در مورد افغانستان مایه تاسف است.
ذبیح الله مجاهد سخنگوی امارت اسلامی تاکید می‌کند که افغانستان خواهان ایجاد مشکل نیست، اما پاکستان نباید باعث ایجاد مشکل شود.
مجاهد افزوده:« امارت اسلامی افغانستان خواهان روابط حسنه با پاکستان است. اتهاماتی که از سوی پاکستان مطرح می‌شود مایه تاسف است. افغانستان نمی‌خواهد از خاکش علیه هیچ کشوری به‌ویژه پاکستان استفاده شود. اگر آنها (پاکستان) شواهدی در این زمینه دارند، با ما در میان بگذارند. اگر واقعا مشکلی وجود داشته باشد قطعا در این زمینه اقداماتی انجام خواهیم داد. اما ما مطمئن هستیم که مشکلات بزرگی وجود ندارد. این وظیفه نیروهای امنیتی پاکستان است که از بروز هرگونه مشکل امنیتی در خاک پاکستان جلوگیری کنند، نباید افغانستان را مقصر آن بدانند و این کمکی نمی‌کند. در مجموع پاکستان رفتار نامناسب با مهاجرین افغان کرد. همه اینها منجر به ناامیدی و خدای ناکرده خراب شدن روابط و ایجاد مشکل بین ملت های دو کشور می‌شود. ما خواستار مشکل نیستم و آنها نیز نیاید مشکل ایجاد کنند.»
امارت اسلامی می‌گوید که خواستار روابط نیکو با همه طرف‌ها است، اما می‌افزاید که تمام کشور ها به شمول پاکستان باید تمام نگرانی‌های خود را در مورد افغانستان با حکومت سرپرست در میان بگذارند.
